|
|
Izolace DNA z rostlinných tkání pro použití v polymerázové řetězové reakci
Trojánek, Zdeněk ; RNDr.Roman Matyášek, CSc. (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Extrakce nukleových kyselin je důležitým krokem pro všechny molekulárně-biologické studie. Proces izolace rostlinné DNA je komplikovaný vzhledem k přítomnosti polyfenolů, polysacharidů a jiných metabolitů, které mohou být izolovány současně s DNA a působit jako inhibitory PCR. Cílem této práce bylo porovnat mezi sebou klasickou metodu izolace rostlinné DNA – metoda CTAB, komerční kit DNeasy Plant Mini Kit, přímou homogenizaci, polymerní neporezní magnetické nosiče funkcionalizované karboxylovými skupinami a kombinaci výše uvedených metod pro izolaci DNA z různých rostlin a potravin rostlinného původu. DNA izolovaná jednotlivými metodami byla hodnocena z hlediska množství, čistoty a použití v PCR. Všechny metody poskytly DNA v kvalitě vhodné pro PCR. Nicméně jednotlivé metody vykazovaly rozdíly v množství a čistotě izolované DNA, pracnosti izolace DNA a ceně. Kombinací přímé homogenizace a magnetických nosičů pokrytých karboxylovými skupinami byla izolována DNA z různých rostlin a potravin rostlinného původu v kvalitě vhodné pro konvenční PCR, PCR v reálném čase a restrikční analýzu. Tato metoda je časově nenáročná, jednoduchá a nevyžaduje práci se škodlivými látkami.
|
|
|
Mikrobiální lipázy a jejich využití
Pavlačková, Jana ; Flodrová, Dana (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na studium preparátu do odlučovačů tuků a odpadních potrubí, který obsahuje mikroorganismy s lipolytickou aktivitou. Teoretická část práce popisuje lipázy, mikroorganismy, které tyto enzymy produkují a využití lipáz. V této části jsou také uvedeny možnosti identifikace mikroorganismů. Praktická část se zabývá studiem komerčního přípravku Sany Duo Spezial s prokázanou přítomností mikroorganismů s lipolytickou aktivitou. U těchto mikroorganismů byla provedena identifikace metodou PCR. Pomocí této metody byly mikroorganismy identifikovány jako rod Bacillus sp. Další charakteristika přípravku byla zaměřena na stanovení hodnoty CHSKCr a výzkum vlivu různých podmínek kultivačního prostředí na produkci lipáz a jejich aktivitu. Studovaný byl vliv teploty, iontů a pH. Lipolytická aktivita byla stanovována spektrofotometricky s využitím činidla p-nitrofenyllaurátu, který se štěpí na žlutý produkt p-nitrofenol.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v kysaných mléčných výrobcích s využitím amplifikačních metod
Tycová, Martina ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetěžová reakce (PCR) je molekulární diagnostická metoda, která umožňuje identifikaci bakterií mléčného kvašení používaných v potravinářském průmyslu. V této práci byla použita PCR pro identifikaci bakterií druhu Streptococcus thermophilus v 10-ti náhodně vybraných komerčně dostupných kysaných mléčných výrobcích a pro identifikaci druhu Streptococcus thermophilus v 25 lyofilizátech kmenů získaných ze Sbírky mlékařských kultur Laktoflóra (CCDM, Tábor, CZ). Druhově specifické PCR primery byly cíleně vybrány z oblastí 16S rDNA. PCR produkty (968bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,2 % agarózovém gelu. Bakteriální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk magnetickými nosiči P(HEMA-co-GMA) obsahujícími karboxylové skupiny. DNA byla vratně navázána na jejich povrch v přítomnosti vysoce koncentrovaného polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Metoda fenolové extrakce DNA byla použita jako kontrolní. Pomocí metody PCR byly identifikovány bakterie druhu Streptococcus thermophilus ve v všech analyzovaných vzorcích.
|
|
|
Analýza DNA Lactobacillus s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy
Aksamitová, Dagmar ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
K rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Lactobacillus, které jsou významnou součástí běžné gastrointestinální mikroflóry a fermentovaných mléčných výrobků, jsou v současné době využívány především amplifikační metody. Cílem práce bylo analyzovat možnost rozlišení vybraných bakteriálních kmenů rodu Lactobacillus pomocí metody polymerázové řetězové reakce v reálném čase v kombinaci s vysokorozlišovací analýzou křivek tání (qPCR-HRM). Celkem bylo testováno 5 primerů navržených pro qPCR HRM analýzu bakterií mléčného kvašení. Specifita použitých primerů byla současně ověřena i pomocí bioinformatické analýzy. Na základě analýzy DNA byly pro rozlišení testovaných kmenů rodu Lactobacillus jako nejvhodnější vybrány primery P1V1/P2V2, V3F/V3R a V6F/V6R. Vhodnost primerů V3F/V3R a V6F/V6R byla ověřena i na komplexním vzorku doplňku stravy, ze kterého byla DNA izolována pomocí magnetických částic. U DNA z těchto vyizolovaných buněk byla provedena vysokorozlišovací analýza křivek tání, pomocí které byla prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus. Získané výsledky se shodovaly s údaji uvedenými výrobcem.
|
|
|
Mikrobiologické analytické metody pro potřeby mlékárenského průmyslu
Vlasák, Jaroslav ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Teoretická část bakalářské práce je zaměřena na probiotika v mléčných výrobcích a zejména na molekulárně genetické metody využívané k analýze DNA. Pozornost je věnována především metodám stanovení bakteriálních buněk rodu Lactobacillus. Základní technikou je v současné době zejména polymerázová řetězová reakce (PCR), při které dochází k amplifikaci specifických úseků DNA pomocí krátkých oligonukleotidových primerů. V praktické části práce je izolována celková DNA z čisté bakteriální kultury a probiotického mléčného výrobku metodami fenolové extrakce a magnetické separace za využití magnetických nosičů P(GMA) pokrytých karboxylovými funkčními skupinami. Kvalita izolované DNA byla potvrzena amplifikací v PCR za použití primerů specifických pro doménu Bacteria, Lactobacillus a Biffidobacterium.
|
|
|
Analýza mikrobiálního složení vybraných probiotických výrobků metodou PCR-HRM
Tomanová, Barbora ; Španová, Alena (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na průkaz probiotických bakterií ve čtyřech různých probiotických výrobcích (probiotický krém, probiotické tampóny, orální probiotikum a sójový nápoj s probiotiky). Byla ověřena viabilita bakterií obsažených ve výrobcích. Z komplexních matric výrobků byla izolována DNA v kvalitě vhodné pro metodu PCR s následnou identifikací deklarovaných bakteriálních rodů a druhů. K amplifikaci pomocí konvenční PCR a PCR v reálném čase byly použity rodově a druhově specifické primery. Ve výrobcích byly prokázány bakterie rodu Lactobacillus a Bacillus a bakteriální druhy Lactobacillus pentosus, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus fermentum a Lactobacillus gasseri. Následně byla testována možnost rozlišení směsi bakteriálních druhů v DNA izolované z probiotického tampónu metodou PCR-HRM. K tomu bylo testováno pět sad primerů. Jako nejvhodnější pro rozlišení byly vyhodnoceny 2 sady primerů (primery P1V1, P2V1 a V1F-HRM, V1R-HRM).
|
|
|
Izolace DNA v kvalitě pro PCR z probiotických výrobků pro dětskou výživu
Mantlová, Gabriela ; Havlíková, Šárka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na izolaci DNA v kvalitě pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR) a následnou identifikaci probiotických bakterií. Pomocí magnetických částic P(HEMA-co-GMA) byla izolována DNA v kvalitě pro PCR ze šesti probiotických preparátů vhodných jako doplňky stravy pro děti. Izolovaná DNA byla amplifikována v PCR pomocí rodově a druhově specifických primerů. Byly identifikovány následující mikroorganismy rodů Lactobacillus, Bifidobacterium a Streptococcus: L. acidophilus, L. rhamnosus, L. casei, B. bifidum, B. longum ssp. longum, B. breve, B. longum ssp. infantis, B. animalis a S. thermophilus. Tato identifikace je v souladu s údaji deklarovanými výrobci.
|
|
|
Příprava DNA v kvalitě vhodné pro polymerázovou řetězovou reakci
Čuta, Robert ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakterie mléčného kvašení (BMK) jsou ve velké míře využívány v potravinářském průmyslu například při výrobě mléčných výrobků, sýrů a fermentovaných salámů, dále se využívají ke konzervaci zeleniny. Kromě průmyslového využití jsou u BMK důležité i mikrobiologické parametry. Při identifikaci bakteriálních rodů se v poslední době velmi často využívají metody založené na izolaci a amplifikaci DNA. Diplomová práce se zabývá optimalizací lyze bakteriálních buněk rodu Lactobacillus. Jako první byla testována koncentrace lysozymu (3mg/ml, 5mg/ml, 10mg/ml) v lyzačním roztoku a doba jeho působení (3, 5 a 10 hodin). Následovalo testování lyzačních roztoků připravených z komerčních pracích prášků při lyzi bakteriálních buněk rodu Lactobacillus. K tomuto účelu byl nejprve použit prací prášek Amway o různé koncentraci (1%, 2%, 3% a 4%). Dále byly při optimalizaci testovány další čtyři druhy komerčních pracích prášků. Optimalizace lyze byla prováděna s buňkami čisté kultury různých druhů Lactobacillus.Po prověření účinnosti pracích prášků pro lyzi buněk čisté kultury Lactobacillus byly provedeny lyze buněk v potravinových matricích (Acidofilní mléko, Jogurt mango, Jogurt bílý) běžně dostupných v obchodě s potravinami. Všechny postupy byly vyhodnocovány amplifikační metodou PCR s primery specifickými pro rod Lactobacillus. Izolace DNA pro PCR byla prováděna pomocí paramagnetických nosičů P(HEMA-co-GMA) a množství DNA bylo kvantifikováno spektrofotometricky. Detekce PCR produktů byla provedena pomocí agarosové gelové elektroforézy.
|
|
|
Probiotika v potravinových výrobcích
Silná, Renata ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotika jsou živé mikroorganismy, které mají pozitivní zdravotní účinky na konzumenta, pokud jsou přidána v adekvátním množství do potraviny. Nejznámnější probiotika jsou bakterie mléčného kvašení a kvasinka Saccharomyces cerevisiae var. boulardii. Teoretická část bakalářské práce byla zaměřena na využití probiotických mikroorganismů v potravinářství. V experimentální části bakalářské práce byly připraveny hrubé lyzáty ze třech potravinářských výrobků a metodou PCR byla dokázána přítomnost bakteriální DNA.
|
|
|
Analýza DNA izolované z probiotických výrobků s využitím magnetických mikročástic
Oliva, Jan ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřena na izolaci a průkaz probiotických bakterií ve třech různých probiotických výrobcích pomocí metody polymerázové řetězové reakce (PCR). DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována z hrubých lyzátů buněk pomocí tří druhů magnetických částic a pomocí fenolové extrakce. Identifikace rodů a druhů probiotických bakterií byla ověřena pomocí rodově a druhově specifických PCR. Získané výsledky byly v souladu s údaji prezentovanými výrobci.
|
host ::
RSS.